پذیرش در دوره دکتری از 3 طریق صورت می‌پذیرد:
1. آزمون نیمه متمرکز دکتری: مرحله اول آزمون دوره دکتری نیمه‌متمرکز توسط سازمان سنجش آموزش کشور یکبار در سال برگزار می‌گردد و پس از معرفی متقاضیان چند برابر ظرفیت به دانشگاه، در مرحله دوم آزمون، شامل: بررسی پرونده علمی/پژوهشی و مصاحبه علمی، توسط دانشگاه صورت می پذیرد و در نهایت پذیرفتهشدگان از طریق سازمان سنجش آزموزش کشور به دانشگاه اعلام می‌گردند.
2. آیین‌نامه استعدادهای درخشان: پذیرش در دوره دکتری از طریق آیین‌نامه استعدادهای درخشان، فقط شامل آن دسته از داوطلبانی که حائز شرایط لازم در آیین‌نامه هستند و از طریق بررسی پرونده صورت می‌گیرد. بررسی درخواست‌ها یک نوبت در سال، در مهر ماه، صورت می‌پذیرد و زمان و جزییات آن توسط دفتر استعدادهای درخشان در سایت htso.sharif.edu اعلام می‌شود.
3. دکترای مستقیم: در هر دوره آزمون ورودی کارشناسی ارشد، آن دسته از پذیرفته شدگان که حائز شرایط لازم در آیین‌نامه دکترای مستقیم هستند، (اسامی آن‌ها هر ساله پس از آزمون کارشناسی ارشد از طریق سازمان سنجش آموزش کشور، اعلام می‌شود) مجازند بدون طی دوره کارشناسی ارشد،در رشته‌های مصوب، مستقیماً وارد دوره دکتری شوند.
